野上爱理和野上良太郎两姐弟正在准备重新开咖啡店——牛奶北斗。此时，桃塔罗斯突然出现在了良太郎的面前。因为遭到了异魔神的入侵，时间列车电王号出现了失控的情况。
与此同时，外出采购食材的爱理被两个小混混缠上了。千钧一发之时，桃塔罗斯附身了良太郎，及时赶去救下了爱理。良太郎与桃塔罗斯从小混混的口中得知，有人刻意指使他们来袭击爱理。大家环顾四周，意外地发现了樱井侑斗的身影……
爱理回到店里准备开业，又出现了几个恶棍冲进店里闹事，但这一次阻止了恶棍们的人，居然是侑斗。
为什么侑斗会及时出现帮爱理？盯上爱理的幕后黑手到底是谁？时间列车电王号仍在失控乱窜，爱理也遭到了异魔神的攻击，可以说是一波未平一波又起。为了守护家人，守护时间，侑斗与良太郎一起追查真相，直面一个又一个危机。
